Совершенно новая идея. Надо прямо при сборке ресурсов делать батчи. Сортировать MeshPart по эффектам, собирать части с одинаковыми эффектами вместе, ставить флажки типа "прозрачно/непрозрачно". Делать этим батчам какие нибудь id'ы для объединения одинаковых и рисования через инстансинг. Много подобных идей, непонятно как подходить пока.